Misturando vários elementos de jogos arcade com os mais refinados simuladores esportivos da geração atual, Super Mega Baseball 3 continua a tradição da série de abordar de forma distinta e bem-humorada o tradicional esporte americano, trazendo nessa nova edição gráficos atualizados, sistemas de pick-off, roubo de bases e arremessos de defesa reformulados, novos estádios com um sistema de horário de jogo e um modo Franchise completamente novo, buscando alcançar um patamar ainda maior do que o já bem-sucedido jogo anterior.