Musashi vs Cthulhu é um jogo single player em terceira pessoa de visão lateral em duas dimensões onde controlamos o lendário espadachim Musashi, que se tornou conhecido por todo o Japão feudal por seus feitos impressionantes, encontrando ninguém menos que o grande sonhador, Cthulhu, uma das mais famosas criaturas idealizadas na literatura de H. P. Lovecraft. Para sobreviver o máximo possível, porém, o herói terá que enfrentar o maior desafio da sua vida, enfrentando hordas intermináveis dos mais terríveis asseclas.