Lost Judgment traz o detetive Yagami em uma nova investigação que envolve casos de bullying na escola Seiryuu, o desaparecimento de um professor ligado a escola e a um molestador que revelou a localização do corpo do professor desaparecido. Yagami tenta chegar ao fundo desse mistério e que acaba por tomar proporções e consequências inimagináveis.