Eden Genesis é um jogo de plataforma single player side-scroll ambientado em um universo cyberpunk onde a humanidade se rendeu aos implantes cibernéticos de aumento de desempenho intelectual e físico. Porém, essas melhorias acabam causando uma série de novas doenças, uma delas uma síndrome degenerativa que atinge grande parte da população, incluindo Leah, a heroína do jogo, que se submete a um tratamento experimental que a coloca em sua própria mente combatendo a corrupção e tentando libertar a si mesmo deste mal, enquanto se aprofunda em mistérios e conspirações envolvendo a empresa que parecia estar a ajudando com a cura.