Se passando no MMORPG fictício chamado CrossWorlds, CrossCode é um RPG de Ação com visual 2D inspirado pelos clássicos dos 16 bits e em tradicionais JRPGs daquele período no qual o jogador controla a avatar chamada Lea enquanto ela explora esse mundo fantástico, resolve diversos quebra-cabeças, soluciona os mistérios envolvendo a misteriosa Shizuka e derrota os mais diversos tipos de inimigos em combates com muita ação nesse mundo digital único.