Alguns modos do modo multiplayer de Assassin's Creed IV Black Flag já são conhecidos de quem conhece a série. O modo Wanted ("Procurado"), por exemplo, coloca você para caçar alvos específicos na partida, enquanto você mesmo é caçado pelos outros jogadores. Você recebe pontos por tudo que faz, seja matar alguém procurado, ou conseguir escapar de ser assassinado por outro jogador.

Neste novo jogo, haverá a possibilidade de personalizar o modo multiplayer para que ele fique do seu gosto. E isso vai muito além de apenas aumentar ou diminuir o tempo da partida. Você poderá, por exemplo, fazer com que só se possa matar com a pistola, ou então remover habilidades especiais. Existirão mais de 200 itens que poderão sofrer modificação nas partidas multiplayer.