De acordo com diversos relatos de usuários do fórum NeoGAF, The Last of Us apresenta um glitch na ferramenta de salvar o jogo automaticamente.

Aparentemente, do nada, a ferramenta para de funcionar, e se você desligar seu jogo sem saber disso, pode acabar perdendo horas de progresso.

Há uma maneira de saber se isso está ocorrendo: aperte Start e entre no menu. Se ali houver a mensagem que o jogo foi salvo "há menos de x minutos", então está tudo bem. Se estiver travado em "autosaving", você precisará sair do jogo, pois o problema se encontra instalado. Se isso ocorrer, o jogo não vai deixar você sair do menu, e se tentar sair apertando o PS Button, o seu console provavelmente desligará. Infelizmente, isso acaba sendo sua única opção.

A princípio, aperte Start constantemente e salve o jogo manualmente. Outra solução é deixar o jogo em modo offline, pelo menos até a Naughty Dog lançar um patch de correção.

Atualização: a Naughty Dog disse em seu Twitter que era um problema dos seus servidores. Se você sair do jogo e retornar a ele, já estará funcionando normalmente.